Система очередности ходов в Героях Меча и Магии 6 вернулась к старой системе, которая была в героях Меча и Магии 3. То есть, каждый отряд имеет право на 1 ход за 1 раунд ходов, а очередность хода определяется параметром Инициатива. Это правило может корректироваться срабатыванием боевого духа. А именно, если срабатывает положительный боевой дух, то отряд получает возможность сходить ещё раз в тот же самый раунд ходов (однако во время второго хода параметры передвижения и урона снижаются на 50%). Ну а если срабатывает отрицательный боевой дух, то в таком случае отряд пропускает свой ход в данном раунде.

Помимо боевого духа, в бою у отряда может сработать как положительная, так и отрицательная удача. при положительной удачи отряд наносит на 50% больше урона, а при отрицательной - на 50% меньше.

Так же как и в остальных играх серии, у существ есть свои характеристики, влияющие на показатели монстра в бою.

Так же как и в 3-х героях, во время боя, отряд может пропустить свою очередь хода (если нажать кнопку "ждать"), и тогда он вновь получит право хода в этом же самом раунде ходов, но только после того, как все отряды сделают свои ходы "нормальным образом". Если же нажать кнопку "обороняться", то отряд потеряет свой ход в данном раунде, но его защита увеличится до следующей очередности его хода.

В бою также встречаются специальные эффекты:

Замерз даёт - эффект воды, даёт -1 ед. передвижения и +20% к уязвимости (Огонь). Длительность: 1 хода.

Заморожен - эффект воды, Дальность передвижения снижается до нуля, уязвимость к урону (Огонь) возрастает на +20%. Длительность: 1 хода.

Оцепенел - эффект силы. Инициатива снижается на 10. Длительность: 2 хода.